重組表達蛋白純化后發(fā)生沉淀，這種情況一般發(fā)生在鎳離子親和純化蛋白中發(fā)生的最多，純化后的蛋白發(fā)生沉淀主要有這么幾種原因：
第一：在Ni純化的過程中，有一部分鎳離子會脫落，脫落的鎳離子屬于重金屬，會對蛋白的凝集和沉積起到一定的作用；
第二：我們人為人工制造的這種溶液環(huán)境，不一定真正符合蛋白本身的“生存”的環(huán)境要求，所以要從離子濃度和pH去考慮，特別是鹽離子濃度；
第三：找準蛋白質的一個等電點，溶液環(huán)境的ph值不能在蛋白質等電點的附近，如果在等電點的附近的時候，這個時候蛋白非常容易沉淀；
第四：蛋白反復凍溶，過程中生成的一些小冰晶會對這個蛋白的結構造成一定的傷害，離子和緩沖液狀態(tài)發(fā)生較大變化；
第五：如果長時間放在4度的情況之下蛋白質，容易滋生微生物，微生物的生長的可能造成蛋白的性質變化或者降解也容易產(chǎn)生一些聚集沉淀。
 
是不是沉淀的蛋白就一定完全失去了結構活性呢？這個是不一定的，我們曾經(jīng)做過這樣一個案例，一個紅色熒光蛋白表達。放在4度放了一周，很多的蛋白都沉淀下來了，但是沉淀物依然是紅色的，這個案例說明了至少這個蛋白，蛋白質沉淀后只是部分失活或者結構變性。如何避免和解決重組蛋白純化后聚集沉淀呢？
 
我們提出以下幾個建議：
1.我們建議如果用鎳柱來純化蛋白的時候，純化的過程純化之后的溶液當中適當?shù)募右稽cEDTA，讓它螯合脫落下來的鎳離子，減少重金屬對蛋白的傷害。
2.我們可以加點分散劑，避免蛋白質分子接觸碰撞，減少它的聚集，這些分散劑，比如說甘油，聚乙二醇，甘露醇，還有這個山梨醇之類的。
3.我這個蛋白的話允許你加入一些輔助性的保護蛋白的話，那是最好比如說這個白蛋白。
4.可以加一點個氨基酸，比如說精氨酸。
5.準確的算出蛋白質的pI等電點，算等電點是要把整個蛋白包括融合的部分都代入計算，包括載體上的人和蛋白，所以這樣才能算出一個準確的等電點，溶液的環(huán)境的pH值，要避免在等電點附近。
6.一個蛋白有些蛋白比較嬌貴，有些蛋白比較皮實，在這過程中的話，我們還要避免蛋白的一些熱損傷。
7.很多的蛋白的話，它獨立的時候是很難存在的，它必須有一些輔助的離子或者輔助的一些蛋白，它才能夠一個很好的維持一個很好的一個構象，所以必要的時候添加它的一些輔助的蛋白或者是因子。
8.每個蛋白的情況都不一樣，也許你在處理其他蛋白的時候都很好，但是處理這個蛋白的時候情況完全不一樣，這就是為什么呢？我們研究的這些蛋白，有時候沒有一招鮮或者是通用方案；我們曾遇過這樣的一個案例，某個寄生蟲體內的一個酶，我們表達的時候，它可以得到上清表達非常好，我們對其中的一個氨基酸進行突變，它立馬從上清表達狀態(tài)變到包涵體表達狀態(tài)；從這個地方我們是否可以通過加減氨基酸為蛋白質”改命“（改性）。